Molts autors creien que l’origen de les aigües de l’Estany estava relacionat amb pèrdues dels rius Ter i Fluvià. Els estudis de la segona meitat del segle XX, però, van demostrar que l’Estany s'alimenta de manera subterrània pels aqüífers provinents del nord i l’oest, a la zona de l’Alta Garrotxa (des de Sadernes a Oix).
Des de l’Alta Garrotxa, les aigües es filtren i corren a través d’una suposada xarxa subterrània de canals, coneguda com aqüífer confinat. L’aigua surt llavors a l’exterior a tres nivells diferents i subterranis, formant la coneguda Conca Lacustre.
Les pesqueres de l’Estany de Banyoles són unes petites construccions aixecades a la riba est de l’Estany, a la banda de ciutat. Totes elles reben un nom particular. La seva construcció va iniciar-se a mitjan del segle XIX i es va allargar fins a l’any 1931, quan l’Ajuntament va prohibir-ne l’edificació de noves.
En principi, aquests petits espais tenien una funció purament pràctica per poder-hi pescar. Després, però, van evolucionar augmentant de superfície per tal que s’hi pogués guardar una barca. Finalment, amb l’arribada de la pràctica de l’esport, algunes d’aquestes formes arquitectòniques elementals van ampliar-se encara més per tal de guardar-hi una o dues barques, poder banyar-se i fins i tot allotjar-s’hi.
